Dari segi tata letak, Museum Brawijaya Malang dibagi menjadi 5 bagian:
Pertama taman halaman depan museum, ada beberapa Tank yang dipajang dihalaman depan tersebut, dan pengunjung bisa naik keatas Tank tersebut untuk berfoto.
Kedua Ruang Lobby, pada ruang ini para pengunjung melakukan absen dan membayar tiket masuk.
Ketiga adalah Halaman Tengah, pada halaman yang berada ditengah ini menampilkan Gerbong Maut, sebuah gerbong yang mempunyai sejarah ‘maut’ mengukir negeri ini. Gerbong yang berjalan dari Bondowoso menuju Surabaya waktu itu mengangkut 100 pejuang Indonesia yang sedang diawan penjajah, dan dari semuanya hanya tinggal 12 orang yang masih hidup, dan 88 pejuang lainnya mati semua dibantai dalam gerbong tersebut, maka dinamakanlah gerbong tersebut sebagai Gerbong Maut.
Ruang keempat dan kelima, adalah Ruang Pameran Tertutup 1 dan Ruang Pameran Tertutup 2, pada kedua Ruang tertutup ini menampilkan Senjata-senjata perang. Klasifikasi pada Ruang tertutup 1 dalah peralatan perang bersejarah pada tahun 1945 sampai dengan tahun 1949. Pada Ruang tertutup 2 untuk klasifikasi senjata bersejarah tahun 1950 sampai sekarang.